ISQL.exe erkennt keine 'named instances'. Weitere Unterschiede werden in BOL aufgelistet.
Für die meisten Anwendungsgebiete ist wahrscheinlich OSQL die bessere Alternative. Nicht zuletzt deshalb, weil ISQL noch mit der DB-Library arbeitet, die nicht alle Features von SQL Server 2000 unterstützt. während OSQL auf ODBC Basis arbeitet. Eine Übersicht über Unterschiede zwischen beiden findet man unter dieser BOL URL: